Čakre su energetski portali tela, mesta na kojima se ukrštaju energetski meridijani (opisani detaljno u kineskoj tradicionalnoj medicini). Pošto meridijana ima mnogo, ima i čakri, ali se sedam čakri smatra glavnim:

7. temena (ljubičasta-bela-zlatna) na temenu
6. čeona ili „treće oko“ (indigo-plava do ljubičasta) između korena obrva
5. grlena (nebesko-plava) na grlu
4. srčana (zelena i ružičasta) na srcu
3. solarni pleksus (žuta) na solarnom pleksusu
2. sakralna (narandžasta) tri prsta ispod pupka
1. korena (crvena ili crna) perineum

Svaka čakra je povezana sa određenim telesnim organom i/ili žlezdom, telesnom funkcijom i emocijom. Emocije koje imamo utiču na čakre i organe u začaranom krugu. Takođe, rad na čakrama može nam pomoći da isceljujemo povezane organe, pa i emocije.
Svaka čakra ima određenu frekvenciju vibracije i boju iz vidljivog dela spektra elektromagnetnog zračenja kroz koju se izražava, i to nam pomaže da se fokusiramo na isceljivanje tačno određenog aspekta. Npr. ako želimo da iscelimo osećaj straha i anksioznost, radimo na prvoj (korenoj) čakri. Kada uravnotežimo određenu čakru kroz sređivanje energetskog disbalansa u njoj, isceljujemo organe, funkcije organizma i emocije sa njom povezane.
Fizički princip „preuzimanja“ (vibracija više amplitude dominira i utiče na oscilaciju slične frekvencije a niže amplitude tako što povišava njenu amplitudu sve do sopstvene) objašnjava kako nam kristali pomažu da uravnotežimo energije svojih čakri. Zbog svoje uređene i stabilne unutrašnje kristalne (atomske) strukture, kristal ima stabilniju frekvenciju i višu amplitudu nego naše lično energetsko polje. Iako u našem telu postoje kristali, ipak nismo u potpunosti izgrađeni od kristala, i zato će kristal uvek imati energetsko polje više amplitude nego ljudi. Ako u naše okruženje dođe izvor energije slične frekvencije i više amplitude, kao što je kristal, on podiže amplitudu vibracije našeg polja do svoje visoke amplitude (naravno, pod uslovom da je očišćen od prethodnih niskofrekventnih energetskih zapisa). Zato, ako nam je određena čakra van balansa, uzimamo kristal u boji koja odgovara toj čakri i postavljamo ga na telesnu poziciju te čakre.
Na primer, ako neko ima problema sa srcem, postavlja zeleni ili ružičasti kristal na srčanu čakru i drži ga neko vreme (dok ne oseti olakšanje) kako bi obnovio energetsku ravnotežu u njoj.