Jeste li nekada nosili na sebi kristal, prošli kroz težak dan na poslu i vratili se nakon toga kući, jedva čekajući da skinete sa sebe kristal? Osećaj „težine“ i „prezasićenja“ je dovoljan pokazatelj da je kristal energetski „uprljan“ i da mu je potrebno čišćenje. Smatra se da kristal „upija“ negativnu energiju iz okruženja i od ljudi koji su učestvovali u njegovom vađenju iz Zemlje, transportu i prodaji, i da je zadržava sve dok se ne „očisti“ od nje. Takođe, ako kristale koristimo u radu sa čakrama, meditaciji i kristaloterapiji, posle svakog korišćenja treba ih očistiti. 
Ako posmatramo kristal kao kristalnu rešetku koja propuštanjem energije kroz sebe „ispravlja“ njenu vibraciju, jasno je da ona mora uticati na subatomske čestice i njihovu vibraciju, te da će frekvencija vibracije atoma koji kristalnu rešetku sačinjavaju s vremenom biti pomerena iz ravnotežne. Ima i duhovnih učitelja koji smatraju da čišćenje kristala uopšte nije potrebno ili da nekim kristalima nikada nije potrebno čišćenje (citrin, disten/kijanit, azezulit, Melody’s Stone tj. Super Seven).

Da bi se povratila ravnotežna vibracija atoma u kristalnoj rešeci, koriste se različiti postupci energetskog čišćenja.